五个月后，秦孝公死去，太子即位，太子老师公子虔告发商鞅意欲谋反，秦惠王下令派人逮捕商鞅。商鞅本是魏国人，就潜逃到边境，天黑了想在旅馆里住下。旅馆老板拒绝他说：“对不起，商鞅定下了法律，入住客人没有身份证明，要连旅馆老板一起治罪。”

商鞅这才哀叹道：“天啊，苛法的害处竟然厉害到这种程度！”他不敢住店，连夜逃到魏国。然而魏国因为他曾经背信弃义，又是秦国的通缉要犯，拒绝接纳他。商鞅逃回自己的封邑，纠集一帮人马进攻秦惠王。秦惠王调动大兵讨伐，将商鞅兵击破。商鞅又向东逃亡，路上被擒获杀死。秦王对大臣说：“各位不要像商鞅一样造反！”下令将商鞅尸体车裂，商鞅家族灭族。